Unterliegen in einem Unternehmen nicht alle Produkte und Chargen den GMP-Regularien, macht es aus wirtschaftlichen Überlegungen wenig Sinn, die strengen GMP-Anforderungen als Standard für alle Bereiche der Organisation einzuführen. Ein Weg zur Handhabung der GMP-Produktion in einem Nicht-GMP-Umfeld ist das Masterplan-Konzept.